Do Indii wrócił w 1935 i skoncentrował się na walce o niepodległość, domagając się jednocześnie silnych gwarancji dla ludności muzułmańskiej. Początkowo jego program nie cieszył się szerokim poparciem – w wyborach w 1937 Liga Muzułmańska zdobyła jedynie 109 z 482 mandatów przeznaczonych dla muzułmanów. Najpoważniejszą opozycję stanowili regionalni przywódcy muzułmańscy, broniący własnych przywilejów nadanych jeszcze przez Brytyjczyków. Przełomem okazało się hasło utworzenia odrębnych muzułmańskich ojczyzn w Indiach. Odwołując się do tej koncepcji, Jinnah odniósł zdecydowany sukces w wyborach prowincjonalnych w latach 1945–1946, uzyskując około 75% głosów muzułmańskich. Projekt utworzenia Pakistanu jako osobnego państwa muzułmańskiego ogłosił w 1940 r. na posiedzeniu Ligi Muzułmańskiej w Lakhnau.