Niemal od razu po zawiązaniu się Towarzystwo podjęło energiczną działalność na wielu płaszczyznach, począwszy od wydawniczej (w pierwszym roku działalności wydano m.in. cztery tomy serii „Biblioteka Krakowska”) poprzez opiekę nad zabytkami (m.in. interwencja w sprawie planów przekształcenia Barbakanu w siedzibę teatru ludowego) po działania na rzecz popularyzacji historii, jak umieszczenie w miejskich murach obronnych tablicy pamiątkowej ku czci Marcina Oracewicza. Rok po założeniu Towarzystwa, w 1898 roku, ukazał się pierwszy numer redagowanego przez nie „Rocznika Krakowskiego”.

Tuż po zawiązaniu się Towarzystwa otrzymywać zaczęło ono skromne zasiłki z funduszy Rady Miejskiej oraz Miejskiej Kasy Oszczędności. W 1901 roku subwencję przyznał również Galicyjski Wydział Krajowy, a w 1903 TMHiZK otrzymało oficjalną pomoc finansową od rządu. W 1916, po śmierci Eustachego Chronowskiego, Towarzystwo otrzymało pierwszy dar testamentowy w wysokości 5000 koron.