6 stycznia 1897 doszło do pierwszego Walnego Zebrania Towarzystwa, które miało miejsce w Sali Posiedzeń Rady Miasta, a przewodniczył mu prezydent Józef Friedlein. Za cele statutowe Towarzystwa uznano m.in. „poznawanie dziejowej przeszłości Krakowa i okolic” oraz „obudzenie poszanowania dla pamiątek i zabytków Krakowa” w społeczności miasta, które miano osiągać m.in. poprzez działalność konserwatorską, naukową, popularyzatorską czy „gromadzenie zabytków pamiątkowych do muzeum historycznego miejskiego”.
Pierwszym prezesem Towarzystwa wybrany został Józef Wawel-Louis. Ze względu na zły stan zdrowia zrzekł się on funkcji przewodniczącego niedługo po wyborze, a po jego śmierci nowym prezesem został Władysław Łuszczkiewicz. Następcą Łuszczkiewicza był Stanisław Krzyżanowski, który pełnił funkcję przewodniczącego od czerwca 1900 r. do wiosny 1916 r.