Od kwietnia 2004 „Ark Royal” był ponownie wycofany do rezerwy w Portsmouth, a w lipcu 2005 roku rozpoczął kolejny remont w Rosyth. We wrześniu 2006 na okręcie zakończyła się przebudowa, mająca dostosować go lepiej do pełnienia zadań śmigłowcowca desantowego (LPH), na czas remontu HMS „Ocean”. Zdemontowano przy tym sonar kadłubowy. Jednocześnie w 2006 roku wycofano z brytyjskiego lotnictwa marynarki myśliwce Sea Harrier, pozostawiając na lotniskowcach szturmowe Harriery GR.9. Okręt osiągnął gotowość operacyjną na początku 2007 roku. Latem uczestniczył w ćwiczeniach Noble Mariner na Bałtyku, między innymi z polską Marynarką Wojenną, zawijając do Gdyni. Często w tym okresie z lotniskowca operowały śmigłowce i piechota morska innych państw sojuszniczych. Od 25 stycznia 2010 roku „Ark Royal” przejął rolę okrętu flagowego floty od HMS „Illustrious”. W kwietniu 2010 okręt uczestniczył w ćwiczeniach Joint Warrior koło Szkocji, utrudnionych przez popiół z wybuchu wulkanu Eyjafjallajökull. W maju podczas ćwiczeń z marynarką amerykańską, operowało z niego 12 Harrierów AV-8B USMC. W czerwcu 2010 roku okręt uczestniczył w rewii floty w Halifaksie. W październiku podczas kolejnych ćwiczeń Joint Warrior operowały z niego lądowe śmigłowce szturmowe Apache.