W maju 1999 na okręcie rozpoczął się trwający dwa lata remont w Rosyth, podczas którego usunięto m.in. wyrzutnię pocisków przeciwlotniczych Sea Dart, dzięki czemu wydłużono do przodu pokład do parkowania samolotów oraz powiększono magazyny środków bojowych w kadłubie. Unowocześniono przy tym wyposażenie okrętu i systemy dowodzenia oraz zmodernizowano stanowisko kontroli lotów, z powiększoną powierzchnią oszklenia. Zwiększono tym samym możliwości uderzeniowe okrętu. 13 lipca 2001 okręt wypłynął na próby po remoncie, a oficjalnie powrócił do służby 2 listopada 2001 roku.
W marcu 2003 okręt był częścią sił biorących udział w ataku na Irak, operując na Zatoce Perskiej. Jego śmigłowce brały udział w desancie komandosów Royal Marines 21 marca na półwyspie Al Faw. 17 maja 2003 roku okręt powrócił do Portsmouth. W początkowym okresie konfliktu dwa jego śmigłowce pokładowe Sea King zderzyły się w powietrzu, w wyniku czego zginęło 6 Brytyjczyków i jeden Amerykanin.