Wojna z Meksykiem Price sformował ochotniczy 2. pułk kawalerii z Missouri i został jego dowódcą w randze pułkownika 12 sierpnia 1846 rokuEicher, s. 440.. Ze swym pułkiem dotarł do Santa Fe, gdzie objął funkcję wojskowego gubernatora Terytorium Nowego Meksyku w miejsce gen. Stephena Kearny’ego, który wyjechał do Kalifornii. W okresie swego urzędowania Price poskromił Bunt w Taos, antyamerykańskie powstanie miejscowej ludności w styczniu 1847 roku. Prezydent Polk awansował Price’a do stopnia brygadiera czasu wojny.
W lipcu 1847 roku Price został wojskowym gubernatorem stanu Chihuahua i 16 marca 1848 dowodził Armią Zachodu w bitwie pod Santa Cruz de Rosales. Do bitwy doszło dlatego, że Price otrzymał nieprawdziwą wiadomość o marszu armii meksykańskiej na Nowy Meksyk. Była to ostatnia bitwa tej wojny, stoczona już po ratyfikacji przez Kongres traktatu z Guadalupe Hidalgo, co miało miejsce 10 marca.