Rozpoczął tam studia literackie pod kierunkiem Juliana Pomeriusza. Wkrótce potem je przerwał i dzięki swojemu powinowatemu, biskupowi Eoniuszowi, przyjął święcenia diakonatu i prezbiteratu.
Jego pierwszym zadaniem było objęcie stanowiska opata w miejscowym klasztorze, które było nieobsadzone z powodu śmierci poprzedniego opata. W ciągu trzech lat pełnienia tej funkcji Cezary pilnował, aby mnisi przestrzegali ascezy i napisał dla nich specjalną regułę zakonną. Po śmierci Eoniusza, około 503 roku nowym biskupem został wybrany Cezary.
Krótko po objęciu stolicy biskupiej, został niesłusznie oskarżony o spiskowanie przeciwko władcy miasta – królowi Wizygotów Alarykowi II, przez co został tymczasowo zesłany do Bordeaux. W latach 507-508 Arles zostało oblężone przez Burgundów i Franków, a Cezary ponownie został fałszywie posądzony o kontakty z najeźdźcami i wtrącony do więzienia. Swoją niewinność musiał udowodnić przed królem Teodorykiem w Rawennie, co zakończyło się powodzeniem. Król obdarował go darami, za które biskup wykupił więźniów pochodzących z okolic Arles. Następnie udał się do Rzymu, gdzie spotkał się z papieżem Symmachusem, od którego otrzymał tytuł wikariusza apostolskiego Galii. Po powrocie do Arles kontynuował pracę duszpasterską, uczestniczył w synodach i pracował nad swoimi pismami.