Jako premier Seddon okazał się przywódcą niezwykle silnym i nielubiącym dzielić się władzą (oprócz kierowania rządem, był jednocześnie ministrem finansów, edukacji, obrony, pracy, imigracji i spraw tubylców). Bardzo cenił lojalność i promował osoby ze swojego macierzystego regionu, co powodowało oskarżenia o nepotyzm. Położył podwaliny pod ustanowienie w Nowej Zelandii państwa opiekuńczego. Przegrał natomiast wewnątrzpartyjny spór o przyznanie praw wyborczych kobietom, czemu osobiście był przeciwny. Był gorącym zwolennikiem aktywnej roli Nowej Zelandii na forum imperium brytyjskiego, którego wówczas była częścią. Popierał II wojnę burską i chciał ustanowienia zwierzchnictwa swego kraju nad Samoa i Fidżi (w końcu musiał zadowolić się Wyspami Cooka).
Sprawował władzę nieprzerwanie przez trzynaście lat, czego nie dokonał przed nim ani po nim żaden nowozelandzki premier. Wielu wzywało go do rezygnacji (jego najważniejszym rywalem stał się pochodzący z tej samej partii Joseph Ward), ale długo nic z tego nie wynikało.