Karierę polityczną rozpoczął od zasiadania w Radzie Prowincji Westland. W 1876 przeprowadził się do górniczego miasteczka Kumara, a już po roku został wybrany na jego burmistrza. W 1879 (za drugim podejściem) został wybrany do parlamentu kolonii. Przez wiele lat Seddon odmawiał przyjęcia stanowiska rządowego – dopiero premier John Ballance zdołał przekonać go do wejścia do Gabinetu w roli ministra odpowiedzialnego za obronę, górnictwo i roboty publiczne. Seddon należał również do grona polityków zakładających Partię Liberalną.
W 1892 Ballance poważnie zapadł na zdrowiu i poprosił Seddona o tymczasowe pokierowanie partią. Premier nie zamierzał czynić go jednak swoim następcą – w tej roli widział Roberta Stouta. Ballance czuł się coraz gorzej i zmarł w kwietniu 1893 roku. Ówczesny gubernator, lord Glasgow, natychmiast mianował nowym premierem Seddona. Stout próbował odebrać mu władzę w wewnątrzpartyjnych wyborach, ale bez powodzenia.