Apolinarego na sklepieniu wykonał Stefano Pozzi.
thumb|left|Kaplica z obrazem Matki Bożej
W osobnej kaplicy przy wejściu jest czczony wizerunek Madonny z Dzieciątkiem ze śś. Piotrem i Pawłem. Jest to renesansowy fresk, ukryty przed zniszczeniem podczas najazdu francuskiego w 1494 roku (lub Sacco di Roma w 1527), którego powtórne odsłonięcie wskutek trzęsienia ziemi w 1645 lub w 1647 roku uznano za cudowne. Marmurową ramę wraz z figurami cherubinów wyrzeźbił Peter Anton von Verschaffelt. W bazylice złożono relikwie świętych męczenników: Tyburcjusza (wspomnienie 11 sierpnia) oraz Eustracjusza i Orestesa z towarzyszami (wspomnienie 13 grudnia).
Kaplice boczne Kaplica św. Alojzego Gonzagi
Pierwsza kaplica po prawej stronie poświęcona jest św. Alojzemu Gonzadze, wizerunek świętego w ołtarzu jest autorstwa Ludovico Mazzanti.
Kaplica św. Józefa
Druga kaplica po prawej stronie dedykowana została św. Józefowi. W ołtarzu umieszczono Święta Rodzinę z Aniołami Giacomo Zobolli.
Kaplica św. Franciszka Ksawerego
Trzecia kaplica po prawej stronie poświęcona jest św. Franciszkowi Ksaweremu. Umieszczono w niej marmurową figurę świętego autorstwa Pierre'a Legrosa.
Kaplica św. Jana Nepomucena
Pierwsza kaplica po lewej stronie poświęcona jest św. Janowi Nepomucenowi. Ołtarz jest dziełem Placido Costanzi.
Kaplica św.