Na zlecenie papieża Benedykta XIV w latach 1741–1742 architekt Ferdinando Fuga przebudował świątynię. Po kasacie Towarzystwa Jezusowego, w 1773 r. kościół objęli Księża Misjonarze (Lazaryści) i prowadzili diecezjalne seminarium duchowne – . Papież Benedykt XV umieścił w pałacu Papieski Instytut św. Apolinarego, do którego uczęszczali m.in. przyszli papieże Pius XII i Jan XXIII, a wielu alumnów uzyskało godność kardynalską.
W dniu 16 marca 1984 roku kościół otrzymał godność bazyliki mniejszej od papieża Jana Pawła II.
Po dalszych zmianach funkcji dawnego pałacu, od 1990 bazylika należy do prałatury personalnej Opus Dei jako kościół akademicki Uniwersytetu św. Krzyża. W 2008 zakończono restaurację wnętrza.
Architektura Bazylika św. Apolinarego jest budowlą późnobarokową, o skromnej bezwieżowej fasadzie. Wnętrze jest jednonawowe, z dwoma szeregami bocznych kaplic i z kopułą wznoszącą się między nawą a prezbiterium. Z tego czasu pochodzi jednolite wyposażenie, m.in. ołtarz główny (autorstwa Bernardina Ludovisiego) i figura św. Franciszka Ksawerego (autorstwa Pierre'a Le Grosa). Srebrny krucyfiks i świeczniki ołtarzowe są dziełem Luigiego Valadiera. Malowidło Chwała św.