W czasie procesu wyszło jednak na jaw, że van der Lubbe zapalił w biurze frakcji nazistowskiej szereg małych ogieńków rzucając na ziemię niewielkie skrawki papieru, które po kolei podpalał używając zapałek do rozpalania w piecu, z którymi go pochwycono. Robił to, według tego co ustalono w śledztwie, przez 10 do 15 minut i najdalej w 24 minuty po dostaniu się do Reichstagu został pochwycony. Ogieńki wzniecone przez van der Lubbego wygasły same nie wyrządzając większych szkód, tymczasem olbrzymi, widoczny z daleka w mieście pożar, objął górną część budynku. Dlatego zarówno obrona, jak i oskarżyciele zwracali uwagę na rzekomych wspólników oskarżonego.
Propaganda komunistyczna przedstawiła van der Lubbego jako prowokatora. Pojawiły się publikacje sugerujące, że najprawdopodobniej był on manipulowany przez Gestapo oraz wskazujące na to, że nie był on już od kilku lat członkiem partii komunistycznej. Rozpowszechniono też plotkę jakoby był homoseksualistą, manipulowanym przez szefa SA Ernsta Röhma. Oskarżenia te pojawiły się już w trakcie procesu w tzw.