niewielkie przejścia zostały wykonane w 1661. Główne pilastry nawy stoją w odległości 6,40 m od siebie, połączone są półkolistymi łukami, zwieńczone zaś herbem braci Cotoner, którzy w latach 1660–1680 piastowali po sobie stanowisko wielkiego mistrza Zakonu. W każdym z sześciu paneli sklepienia przebite są dwa owalne okna, po jednym z każdej strony. thumb|180px|Pomnik nagrobny wielkiego mistrza Zondadariego Ściany nawy głównej i wszystkich kaplic ozdobione są misternymi wyszukanymi barokowymi ornamentami wyrzeźbionymi in situ w maltańskim wapieniu, przekształcając ściany w orgię bogato złoconych liści, kwiatów, aniołów i wszelkiego rodzaju triumfalnych symboli. Pilastry podtrzymujące nawę główną wyłożone najlepszym zielonym marmurem. Wszystkie ornamenty zaprojektował Mattia Preti. Cała marmurowa podłoga katedry to około 400 grobowców z góry przykrytych kolorowymi marmurowymi płytami nagrobnymi, z których najstarsze pochodzą z początku XVII wieku. Jedynie najważniejsi dygnitarze Zakonu, i kilka znamienitych osób miało prawo w ten sposób się uwiecznić, jakkolwiek nie ma żadnej pewności, że wszystkie pochówki odpowiadają kamieniom nagrobnym.