ufundowany został przez wielkiego mistrza Carafę, zaś zainstalowany w 1686. Zbudowany jest z rzadkich rodzajów marmuru, fryz biegnący wokół niego zawiera symbole czterech Ewangelistów, klucze symbolizujące św. Piotra, oraz księgę i miecz symbolizujące św. Pawła. Stalle, misternie wyrzeźbione z drewna orzechowego, mieszczące 52 siedzenia rozmieszczone po obu stronach prezbiterium, pochodzą z 1598. Ich wykonanie przypisywane jest Antonio Laziemu z Piacenzy. Sklepienie konchowe apsydy ozdobione jest obrazem Mattia Pretiego przedstawiającym św. Jana Chrzciciela dzierżącego sztandar Zakonu, klęczącego przed Trójcą Świętą. Dzieło jest częścią tematyczną malarstwa wykonanego przez tegoż artystę na suficie katedry.

Nawa główna thumb|left|Nawa główna świątyni Architekt świątyni wybrał przykrycie nawy olbrzymim sklepieniem beczkowym. Podzielone jest ono łukami wspartymi na biegnącym wokół gzymsie na sześć paneli, które odpowiadają sześciu „kaplicom” rozdzielającym każdą z naw bocznych. Oryginalnie nie było przejść pomiędzy kaplicami;