thumb|Remont elewacji konkatedry św. Jana w 2014 Wnętrze katedry odrestaurowano na przełomie lat 80. i 90. XX wieku. W 2001 powołano „St. John’s Co-Cathedral Foundation” w celu zarządzania i konserwacji katedry i jej muzeum. Boczne elewacje świątyni zostały odrestaurowane w latach 2008–2010, a w lipcu 2014 rozpoczęto całkowitą renowację fasady, którą kierował architekt Jean Frendo, mając do pomocy ośmiu konserwatorów. Renowacja centralnej części fasady została zakończona we wrześniu 2015, a cały projekt został zakończony w styczniu 2018. W marcu 2020 otwarto do zwiedzania odrestaurowaną kryptę wielkich mistrzów, zaś w lipcu 2021 ukończona została kompleksowa odnowa oratorium oraz zainaugurowano nowe Caravaggio Wing (skrzydło Caravaggia). Dziś katedra jest jedną z najpopularniejszych atrakcji turystycznych na Malcie, jest umieszczona w National Inventory of the Cultural Property of the Maltese Islands.