Kościół św. Jana pozostał kościołem konwentualnym Zakonu do czasu, gdy ten ostatni został wygnany z Malty wraz z nastaniem okupacji francuskiej w 1798. Z biegiem czasu kościół został podniesiony do poziomu równego arcybiskupiej katedrze w Mdinie. W latach 20. XIX wieku biskupowi Malty zezwolono na używanie katedry św. Jana jako alternatywnej stolicy, i tym samym formalnie stała się ona konkatedrą. W 1831 Walter Scott nazwał katedrę „wspaniałym kościołem, najbardziej uderzającym wnętrzem, jakie kiedykolwiek widział”. Później, w XIX wieku, Giuseppe Hyzler, przywódca ruchu nazareńskiego na Malcie, usunął część barokowych ozdób katedry, w tym ozdobny ołtarz w kaplicy langue Francji. Fasada katedry została lekko uszkodzona w czasie bombardowania lotniczego w 1941, podczas II wojny światowej, ledwo unikając całkowitego zniszczenia. Zawartość katedry została przeniesiona w inne miejsce przed bombardowaniem, więc żadne dzieła sztuki nie zostały utracone.