Stone angażował się również w prace nad standaryzacją czasu. W 1881, jako przewodniczący komitetu American Association for the Advancement of Science do spraw czasu standardowego, konsultował przedsiębiorstwa transportowe i opowiadał się za jednym wspólnym standardem czasu dla kolei w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie. Cincinnati Observatory świadczyło również dla miasta usługę sygnału czasu; sygnały z obserwatorium sterowały zegarem i kulą czasu w centrum Cincinnati.
Od 1879 narastał spór między Stone’em a władzami University of Cincinnati dotyczący m.in. jego obowiązków dydaktycznych. Stone nie chciał poświęcać czasu obserwacyjnego na dojazdy na zajęcia na kampus i preferował prowadzenie ich w obserwatorium. W następstwie zmian organizacyjnych odebrano mu tytuł dyrektora, a jego kolejne wnioski o dodatkowe wyposażenie były odrzucane. W czerwcu 1882 zrezygnował z pracy w Cincinnati, aby objąć stanowisko w powstającym McCormick Observatory przy University of Virginia.
McCormick Observatory i University of Virginia W 1882 Stone został pierwszym dyrektorem McCormick Observatory i pozostał na tym stanowisku do 1912. Nadzorował budowę obserwatorium.