25..
Po uzyskaniu niepodległości przez Estonię pojawił się projekt adaptacji soboru i całego wzgórza Toompea na Panteon Estońskiej Niezależności, a tym samym usunięcia świątyni-symbolu rusyfikacji kraju. W październiku 1928 r. estoński parlament uchwalił ustawę o rozbiórce soboru, która miała dojść do skutku do 1 maja 1929 r.metropolita Korneliusz, R. Rumiancew, Kafiedralnyj..., s. 26.. Decyzja ta spotkała się z protestami ludności prawosławnej, a także części duchowieństwa i wiernych większościowego w Estonii Kościoła luterańskiego oraz lewicowych partii opozycyjnych. Ostatecznie do zniszczenia świątyni nie doszło. Jedynie z kopuł soboru zdjęto złoto.
W latach 1923–1936 soborem administrowała nadal parafia rosyjska, podlegająca eparchii narewskiej, grupującej placówki duszpasterskie przeznaczone dla prawosławnych Rosjan. W 1936 r. budynek przejęła parafia etnicznie estońska; równocześnie sobór stał się katedrą autonomicznego Estońskiego Kościoła Prawosławnego kierowanego przez metropolitę Aleksandra. Nabożeństwa odbywały się w języku estońskim.