W 1887 r. Świątobliwy Synod Rządzący zatwierdził plan budowy nowego soboru w mieście i przekazał na ten cel 60 tys. rubli. Gubernator estoński, który pragnął wznieść wspaniałą i efektowną cerkiew, uznał jednak tę sumę za niewystarczającą dla realizacji swoich planów i za zgodą cara Aleksandra III rozpoczął ogólnorosyjską zbiórkę funduszy na budowę obiektu. W rezultacie do połowy września 1899 r. zebrano 434 623 ruble i 29 kopiejekmetropolita Korneliusz, R. Rumiancew, Kafiedralnyj..., s. 7.. Siergiej Szachowskoj nie dożył jednak nawet rozpoczęcia budowy soboru.
Na patrona świątyni wybrano w 1888 r. św. Aleksandra Newskiego, aby uczcić ocalenie cara Aleksandra III i jego rodziny z katastrofy monarszego pociągu w Borkach 17 października tego rokumetropolita Korneliusz, R. Rumiancew, Kafiedralnyj..., s. 8.. Jako miejsce pod budowę świątyni wybrane zostało kluczowe w rozplanowaniu Tallinna i istotne dla estońskiej mitologii narodowej wzgórze ToompeaWedług estońskich legend ludowych wzgórze jest grobowcem mitycznego bohatera Kaleva usypanym z kamieni przez jego żonę Lindę., a konkretnie plac przed pałacem gubernatorskim (pierwotnie zamkiem Toompea, w niepodległej Estonii jest to gmach parlamentu). Autorem projektu budynku był akademik Michaił Prieobrażenski. 30 sierpnia 1893 r.