Pod względem metodologicznym uważał, że fakty historyczne należy wyjaśniać w kontekście jego cywilizacyjnego podłoża. Łączył więc historiografię ze swoją teorią cywilizacji. Opisując historię Polski, wskazywał, że jej konflikty z krajami sąsiednimi miały charakter cywilizacyjny: Polska opiera się na cywilizacji łacińskiej, Rosja na cywilizacji turańskiej (pochodzenia mongolskiego), a Niemcy na cywilizacji bizantyńskiej. Koneczny podkreślał pozytywny wpływ Kościoła katolickiego na rozwój społeczeństwa oraz dominującą rolę idei i instytucji w historii.
Historiozofia Częścią dorobku Konecznego, która budziła najżywsze zainteresowanie, jest jego filozofia historii. W swoich licznych pracach rozwijał oryginalną teorię cywilizacji, której zadaniem było określenie praw rządzacych dziejami ludzkości.
Rozważania cywilizacyjne Konecznego wyrosły z refleksji nad stosunkiem Polski do Europy, podjętej w artykule Polska w kulturze powszechnej (1917/1918), który zapoczątkował prace nad O wielości cywilizacyj.