Na przełomie XVII i XVIII w. monaster został przebudowany w stylu baroku ukraińskiego (kozackiego)I. Marholina, Kyryliwśka..., s. 10.. Dostawiono wówczas cztery mniejsze kopuły, zmieniono kształt dachu, zamurowano część okien, zmieniono zewnętrzną dekorację budynku. W 1734 obiekt został poważnie uszkodzony przez pożar i rozbudowany w latach 1750–1760 pod kierunkiem Iwana Hryhorowicza-Barskiego. Kontynuował on przebudowę cerkwi św. Cyryla i zabudowań monasterskich w stylu barokowymI. Marholina, Kyryliwśka cerkwa..., s. 24..
W 27 lat później monaster został zamknięty na rozkaz władz carskich i zaadaptowany na szpital, a następnie na przytułek dla chorych psychicznie, noszący nadal imię św. Cyryla. Nadal w użytku pozostawała klasztorna cerkiew, kilkakrotnie przebudowana w stylu barokowym. 8 maja 1929 Rada Komisarzy Ludowych Ukraińskiej SRR zdecydowała, iż były monaster jest zabytkiem szczególnej wartości i zdecydowała o jego konserwacji i adaptacji na cele muzealne. W dzwonnicy zlokalizowano ekspozycję poświęconą Barskiemu, zaś oficjalnym właścicielem budynku został Narodowy Komisariat Edukacji Ukraińskiej SRR.