Proces i uwięzienie 15 kwietnia 1918 r. MacLean został aresztowany pod zarzutem nawoływania do buntuMilton, s. 164.. Sąd odmówił wypuszczenia go za kaucją i proces rozpoczął się 9 maja w Edynburgu. MacLean nie skorzystał z prawa do adwokata i sam prowadził swoją obronę. Na pytanie sędziego czy ma jakieś zastrzeżenia do członków ławy przysięgłych odpowiedział: Mam dużo zastrzeżeń do każdego z nich. Oskarżenie opierało się na zeznaniach jednego z uczestników wieców na których przemawiał MacLean, który spisał fragmenty jego przemówień zaraz po wiecach. MacLean odrzucił jego zeznania, twierdząc, że jego słowa zostały wyrwane z kontekstuMilton, s. 168..
Przed ławą przysięgłych MacLean wygłosił 75-minutowe przemówienie, które wykorzystał do ataku na system kapitalistycznyMaclean (1918)Speech from the Dock.. Został skazany na 5 lat pracy przymusowej i osadzony w więzieniu Peterhead niedaleko Aberdeen. Wkrótce rozpoczęła się jednak kampania mająca na celu uwolnienie MacLeanaMilton, s. 179.. Po zakończeniu wojny MacLean został 3 grudnia zwolniony z więzienia. Wrócił do Glasgow witany przez tłumy.