Od tego momentu zaczął się powolny upadek Vęgorii - spadek do klasy A, a potem do klasy B. Po dwóch latach gry w tej klasie rozgrywkowej nastąpiło rozwiązanie sekcji piłkarskiej (postawiono na kajakarstwo).
Lata 1979–2005 Po 7 latach bez ligowej piłki nożnej w Węgorzewie, w 1986 roku LZS Węgorzewo (grający do tej pory w wojewódzkich rozgrywkach LZS), przystąpił do rozgrywek ligowych OZPN Suwałki, a w sezonie 1987/88 wygrał grupę II suwalskiej klasy B (szósty poziom ligowy) i awansował do klasy A. W trakcie sezonu 1988/89 LZS zmienił nazwę na "Vęgoria". Przez kilka następnych lat rozgrywała mecze w suwalskiej klasie okręgowej i klasie A. Po reformie administracyjnej z 1999 roku, Vęgoria znalazła się w warmińsko-mazurskiej klasie okręgowej. Po zajęciu w sezonie 2001/2002 15. miejsca i przegranym barażu z Zalewie z Ewingami 0:1, Vęgoria znalazła się w warmińsko-mazurskiej klasie A (VI liga) i nie była w stanie się z niej wydostać przez 3 sezony (2002–2005).