Na terenie małego getta zamieszkało początkowo 11–12 tys. osób, z reguły niezdolnych do pracy fizycznej na rzecz III Rzeszy. Zostali oni zamordowani w dniach 3–21 października 1941 na terenie Ponarów. Na czele małego getta przez dwa miesiące stał Ajzyk Lejbowicz.
Duże getto było początkowo zamieszkane przez 29–30 tys. osób. Przewodniczącym Judenratu został Anatol Fried. Po wymordowaniu mieszkańców małego getta rozpoczęto stopniową eksterminację Żydów z dużej dzielnicy żydowskiej, do końca 1941 życie straciło łącznie 33,5 tys. Żydów mieszkających w mieście w czerwcu 1941. W lipcu 1942 Anatola Frieda w roli szefa Rady Żydowskiej zastąpił Jakub Gens, wcześniej dowódca żydowskiej policji.
Oblicza się, że na początku 1942 w getcie mieszkało legalnie 12 tys. osób, a niezgodnie z przepisami, w ukryciu – 8 tys.
Na terenie getta istniała cała infrastruktura społeczna: działały szkoły i biblioteki, kuchnie, punkty pomocy zdrowotnej oraz teatry, np. Żydowski Teatr Wileński funkcjonował od stycznia 1942 do czerwca 1943 – łącznie wystawił 119 przedstawień, które obejrzało 35 tys. widzów. Na deskach teatru wystawiono m.in.