W znacznym stopniu przebudowany został sam tryb rozgrywki poprzez: możliwość zastosowania ośmiokrotnej kompresji czasu, możliwość unowocześnienia okrętów (poprzez badania), możliwość budowy modułów rozszerzających zdolności większych okrętów, eliminację paliwa (koniecznego we wcześniejszej wersji do działania mniejszych statków), możliwość uzbrojenia statku- matki, wybór stopnia trudności rozgrywki, wprowadzenie widoku z kabiny pilota, możliwość prowadzenia zadań patrolowych, zdobywanie kolejnych rang przez statki (każdy statek bojowy może zdobyć maksymalnie czwarty poziom doświadczenia poprzez walkę). Pojawił się szereg nowych okrętów i technologii (np. budowa okrętów mimicznych, możliwość łączenia okrętów w większe).
Gra wieloosobowa W tryb dla wielu graczy wprowadzony został szereg zmian: wybór stopnia trudności rozgrywki; nowe okręty, rasy i technologie (wynikające z nowego scenariusza); istnienie tuneli podprzestrzennych; nowe mapy.
Spotykane rasy Podczas kampanii gracz spotyka siły: Somtaaw Hiigaran (Kushan) Imperium Taiidańskie Republika Taiidańska Jeźdźców Turanic Bestii Bentusi