Naggarok i Bestia Naggarok to okręt pochodzący z odległej dla Hiigaran galaktyki, który padł łupem Bestii podczas podróży przy użyciu eksperymentalnego napędu hiperprzestrzennego o ogromnej sile. Załoga Naggarok, zdając sobie sprawę z natury infekcji zniszczyła systemy napędu oraz komunikacji okrętu. Wysiłki te jednak zostały zaprzepaszczone przez systemy awaryjne statku, które wobec uszkodzeń wyrzuciły boję zawierającą drobną cząstkę Bestii. Nadajnik ten zostaje później odnaleziony przez siły Somtaaw. Bestia, będąc bio-mechanicznym wirusem rozszerza swoje umiejętności oraz zdolności technologiczne infekując kolejne okręty. Imperium Taiidańskie zawiązało sojusz z Bestią w nadziei na odzyskanie dawnego układu sił w galaktyce, wirus wykorzystał ich siły, przejmując między innymi najpotężniejszą stacją bojową Republiki Taiidan.
Rozgrywka Gra jednoosobowa Kampania dla pojedynczego gracza zawierają 17 misji, przy czym gra posiada również misje wprowadzające tutorial. Grafika reprezentuje ten sam co w przypadku Homeworld poziom, ze względu na zastosowanie tego samego silnika 3D.