Przewodniczącym Zarządu był Minister Spraw Wojskowych, względnie wyznaczony przez niego Zastępca. W skład Zarządu wchodzili ponadto: dwaj Delegaci Ministerstwa Spraw Wojskowych; jeden Delegat Ministerstwa Skarbu; jeden Delegat Ministerstwa Robót Publicznych; jeden Delegat Ministerstwa Spraw Wewnętrznych; jeden Delegat Sejmu, wyznaczony spoza składu Sejmu; jeden Delegat Senatu, wyznaczony spoza składu Senatu; jeden Delegat Samorządu, wybrany przez Radę Miejską m. st. Warszawy. Fundusz Kwaterunku Wojskowego miał obowiązek budować na gruntach państwowych, jednak w przypadku ich braku miał też prawo nabywać tereny pod budowę w trybie wywłaszczenia. Budownictwo mieszkaniowe FKW cieszyło się bardzo dobrą opinią, z racji solidności oraz wysokiego profesjonalizmu wykonania. Zadanie projektowania architektonicznego powierzano najwybitniejszym architektom, co sprawiło, że realizacje FKW stały się wzorcem, punktem odniesienia dla wznoszonych ówcześnie budynków mieszkalnych. Do dziś przetrwało wiele obiektów wybudowanych przez Fundusz Kwaterunku Wojskowego, głównie (choć nie tylko) w Warszawie.