Dwuletnia zwłoka w utworzeniu Funduszu Kwaterunku Wojskowego od momentu uchwalenia ustawy wynikała z kontrowersji wokół ustawowego upoważnienia FKW do zaciągnięcia zewnętrznej lub wewnętrznej pożyczki do wysokości 140 milionów zł (za państwowym poręczeniem), pod zabezpieczenie hipoteczne na wszystkich nowo budowanych nieruchomościach własnych. Fundusz Kwaterunku Wojskowego jako instytucja cywilna przeznaczona więc była do realizacji zadań dla potrzeb wojska: wznoszenia własnych budynków mieszkalnych, stanowiących własność Funduszu Kwaterunku Wojskowego oraz ich utrzymania i konserwacja. Władzami FKW były: zarząd – kolegialny organ stanowiący oraz zawodowa dyrekcja i komisja rewizyjna, stanowiąca organ kontroli wewnętrznej, obowiązana do przeprowadzania kontroli technicznej, rachunkowej, kasowej oraz całokształtu czynności FKW. Ponadto Fundusz podlegał kontroli ustawowej Najwyższej Izby Kontroli Państwa, oraz Korpusu Kontrolerów M, S. Wojsk..