Po wyrażeniu zgody przez cesarza Wilhelma II 30 sierpnia 1899 rozpoczęto budowę ogrodzenia i budynków. Engler odpowiadał wtedy za botaniczny, a Koerner za architektoniczny wygląd nowego Ogrodu Botanicznego. W tym samym roku założono Botaniczny Urząd Centralny Kolonii Niemieckich (Botanische Zentralstelle für die deutschen Kolonien) jako osobny oddział Ogrodu Botanicznego.
Teren miał dwa równorzędne wejścia przy Königin-Luise-Platz i od Straße Unter den Eichen (wtedy jeszcze Berliner Straße). Łączy je główna aleja o szerokości 8–10 metrów. Na wschód od niej znajduje się większość budynków, włącznie z budynkami, w których można oglądać rośliny; na zachód rozciągają się tereny otwarte.
Pierwsi goście weszli do ogrodu 13 kwietnia 1903, kiedy został otworzony na kilka godzin i przyciągnął około 2500 osóbBerliner Zeitung: Vor 100 Jahren konnte Berlin erstmalig den Botanischen Garten angucken, 12. April 2003.. W 1904 tereny otwarte zostały wykończone i od tego czasu są udostępnione zwiedzającym. Ta data została również wybrana na uroczystości setnej rocznicy w czerwcu 2004 roku. Jednak „oficjalne” otwarcie ogrodu i muzeum odbyło się dopiero 24 i 25 maja 1910 roku, po wykończeniu wszystkich budynkówZepernick/Karlsson, S.