Ze sprzedaży terenu obok nowego Ogrodu Botanicznego miały być sfinansowane inne budynki uniwersyteckie: rozbudowa szpitala Charité (Wydział Medycyny), Instytut Chorób Zakaźnych, Instytut Higieny oraz Instytut Farmaceutyczno-Chemiczny.
Ogród podlegał wtedy Ministerstwu wyznań, oświaty i zdrowia (Ministerium der geistlichen, Unterrichts- und Medizinalangelegenheiten). Friedrich Althoff z ramienia ministerstwa zlecił tymczasowemu dyrektorowi Ogrodu Botanicznego Ignazemu Urbanowi sprawdzenie i ocenienie terenów należących do Berlina, które brano pod uwagę przy przeniesieniu ogrodu. 41 hektarów terenów składających się na królewską domenę Dahlem, gdzie do tej pory były tylko pola ziemniaczane, Urban uznał za teren nadający się pod każdym względem pod planowaną inwestycję.
thumb|upright=1.2|Mapa hipsometryczna terenu przed założeniem Ogrodu Botanicznego Althoff sprowadził również do Berlina wiodącego botanika Adolfa Englera. W roku 1895 Adolf Endler i Alfred Koerner stworzyli plan nowego kompleksu. Engler został w 1889 nowym dyrektorem Ogrodu Botanicznego, a dla równie dobrze wykwalifikowanego Urbana stworzono stanowisko zastępcy dyrektora. Dnia 26 czerwca 1897 pruski Landtag zgodził się na projekt. Jeszcze w tym samym roku rozpoczęły się prace na terenie.