Po ataku Niemiec na ZSRR i okupacji Lwowa przez Wehrmacht, 11 września 1941 prokurator Sądu Kapturowego przy Komendzie Głównej ZWZ w Warszawie kpt. Lucjan Milewski ps. Baczyński skierował przeciwko niemu akt oskarżenia do sądu, w którym zarzucił mu, że od stycznia 1940 do czerwca 1941 współpracował z władzami sowieckimi ujawniając informacje o stanie ZWZ oraz ujawniając nazwiska członków organizacji przez to spowodował m.in. aresztowania ppłk. dypl. Stanisława Pstrokońskiego ps.„ Łoziński”, kpt. Romana Kędzierskiego ps. „Sosna”, szefa wywiadu ZWZ-1 i Włodzimierza Kordeckiego ps. „Marcyniuk” - kuriera Komendy Głównej ZWZ tj. popełnienie czynu z art. 12 par. 2 rozporządzenia prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z 24.10.1934 o niektórych przestępstwach przeciwko bezpieczeństwu państwa (Dz. U. R. P. z 1934 r., Nr 94, poz. 851). Sprawa karna E. Macielińskiego została zarejestrowana za nr K I 2/41. Po przeprowadzeniu rozprawy Sąd Kapturowy przy Komendzie Głównej ZWZ w Warszawie, w składzie płk Konrad Zieliński ps. „Karola”, „Andrzej” (NN) i por. Wacław Osiński ps. „Kos”, wyrokiem z dnia 26 września 1941 uznał E. Macielińskiego za winnego zarzucanego czynu i skazał go na karę śmierci. Wyrok, po zatwierdzeniu 25 października 1941 przez komendanta głównego ZWZ Stefana Grota-Roweckiego, wykonał w dniu 17 grudnia 1941 Warszawie ppor.