Od schyłku 1939 działał w ZWZ we Lwowie. W kwietniu 1940 mianowany komendantem Obszaru Nr 3 we Lwowie, p.o. dowódcy lwowskiego ZWZ (ZWZ-1). Dwa (lub więcej) razy był zatrzymywany przez NKWD i trzymany w więzieniu, a następnie wypuszczany, co było standardową metodą kontaktu NKWD z agentemW dokumentach sprawy karnej przeciwko E. Macielińskiemu wskazano, że był aresztowany przez NKWD co najmniej czterokrotnie i następnie wypuszczany, Archiwum Akt Nowych w Warszawie, AAN Armia Krajowa 203/IX-2, k. 3-4, akt oskarżenia przeciwko S. Pstrokońskiemu i E. Macielińskiemu; Bartłomiej Szyprowski, Sprawa karna ppłk Emila Macielińskiego przed Sądem Kapturowym KG ZWZ (cz. 2), Wojskowy Przegląd Prawniczy z 2014 r, Nr 1, s. 5–28.. Podejrzewany był, że wydał NKWD szereg działaczy ZWZ, m.in. Komendanta ZWZ okupacji sowieckiej gen. Leopolda Okulickiego, Karolinę Lanckorońską i księdza Włodzimierza Cieńskiego.