Po rozwiązaniu Centralnej Szkoły Balonowej w 1924, od 1927 przy Batalionie Balonowym (później – nr 1) w Toruniu funkcjonowała Szkoła Podchorążych Rezerwy Wojsk Balonowych, przemianowana w 1933 na Szkołę Podchorążych Rezerwy Balonów. W sumie w latach 1927–1939 szkołę podchorążych rezerwy ukończyło ponad 250 absolwentów, w tym około 70% zostało oficerami zarówno służby stałej, jak i rezerwy.
W 1929 nastąpiły zmiany w organizacji lotnictwa wojskowego, w tym i w wojskach balonowych. W 1929 na bazie wydzielonej kompanii balonów zaporowych z toruńskiego 1 Batalionu Balonowego sformowano 2 Batalion Balonowy w Jabłonnie.
Wiosną 1929 batalion został włączony w skład 2 Grupy Aeronautycznej. Dwa lata później, po likwidacji 2 Grupy Aeronautycznej, batalion został podporządkowany dowódcy 1 Grupy Aeronautycznej. Z dniem 1 stycznia 1936 batalion został włączony do składu 3 Grupy Aeronautycznej, która w tym samym roku została przemianowana na 3 Grupę Lotniczą. W składzie 3 Grupy Lotniczej pozostał do 1939.