Na początku lipca 1920, po reorganizacji, batalion wszedł w skład sformowanego 1 pułku aeronautycznego, a po jego rozwiązaniu działał w składzie wojsk 5 Armii. Po rozejmie skierowany został do Torunia.
Okres międzywojenny Zawarcie traktatu rozejmowego w 1920 rozpoczęło proces przechodzenia oddziałów Wojska Polskiego na organizację pokojową. Po zakończeniu działań wojennych wojska balonowe nie zostały zredukowane. Zamiast redukcji personelu i sprzętu jak to miało miejsce w innych broniach, w wojskach balonowych nastąpiło zwiększenie liczby jednostek. W 1923 korpus wojsk aeronautycznych (jednostki lotnicze i balonowe) składał się z: 3 pułkowników, 21 podpułkowników, 28 majorów, 112 kapitanów, 218 poruczników i 11 podporucznikówRocznik Oficerski 1924.
Z dniem 20 czerwca 1924 została przeprowadzona reirganizacja wojsk balonowych, w wyniku której pozostawiono Baon Balonowy w Toruniu, a pozostałe zlikwidowano. W składzie Baonu Balonowego oprócz kompanii balonów obserwacyjnych znalazła się też jedna wydzielona kompania balonów zaporowych w Jabłonnie.