Zandowa wygłosiła wtedy referat o badaniach eksperymentalnych i nauczaniu Edwarda Flataua. Jeszcze w czerwcu 1939 pojawiła się publikacja z akredytacją Warszawskiego Instytutu Neurobiologicznego, ale po wojnie instytucja ta już nie działała.
II wojna światowa W relacji Janiny Skąpskiej(1914-2002) Natalia Zand podczas oblężenia Warszawy w 1939 roku pracowała w Szpitalu Wojskowym Ujazdowskim. Mieszkała wtedy na rogu Matejki i Alej Ujazdowskich.
Latem 1941 roku mieszkała w swojej wilii w Sulejówku.
Przypuszczalnie z początkiem 1942 roku zamieszkała w getcie warszawskim, gdzie kontynuowała pracę lekarza. Współpracowała z Januszem Korczakiem w Głównym Domu Schronienia (potocznie nazywanym Domem Podrzutków) na Dzielnej 39. Ludwik Hirszfeld pisał: „Było to piekło na ziemi. […] Przy wejściu uderzał zapach kału i moczu. Niemowlęta leżały zanieczyszczone, pieluch nie było, zimą mocz zamarzał i na tym lodzie leżały zamrożone trupki. Dzieci nieco starsze siedziały po całych dniach na podłodze lub ławeczkach, kiwały się monotonnie, jak zwierzęta, żyły od posiłku do posiłku, oczekując marnej, zbyt marnej strawy. Szalał dur plamisty, czerwonka.