Już po śmierci założycielki, 30 maja 1908 Zgromadzenie zostało afiliowane do Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów, 12 lutego 1909 otrzymało dekret pochwalny od Stolicy Apostolskiej, a następnie 3 marca 1953 zostało przez nią ostatecznie zatwierdzone.
30 grudnia 1901 rozpoczęła się w Oświęcimiu pierwsza Kapituła Generalna Zgromadzenia zwołana przez Matkę Małgorzatę, która wybrała ją na przełożoną generalną, a na wikariuszkę generalną wybrano s. Katarzynę Hałacińską, późniejszą Służebnicę Bożą. 8 marca 1904 z uwagi na stan zdrowia złożyła rezygnację z funkcji przełożonej generalnej, która została przyjęta przez kard. Jana Puzynę 9 kwietnia, a kolejną przełożoną od 27 kwietnia tegoż roku została s. Hieronima Węgrzyk CMBB.
Po rezygnacji z kierowania Zgromadzeniem udała się do Nieszawy, gdzie zamieszkała w wynajętym od proboszcza niewielkim domku nazywanym „wikaryjką” albo „organistówką” naprzeciw kościoła parafialnego. Chorowała na nerki oraz oczy, które z biegiem lat były coraz słabsze. Zmarła 5 czerwca 1905 w godzinach porannych po przyjęciu sakramentu chorych w obecności czuwającej współsiostry Augustyny CMBB. Jej ciało, ubrane w strój zakonny i złożone do trumny zostało wystawione przez trzy dni w kaplicy św. Wojciecha w kościele parafialnym w Nieszawie. Trumnę początkowo złożono na cmentarzu w Nieszawie w grobowcu rodzinnym s.