W 1892 siostry sprzedały dom w Zakroczymiu, a uzyskane środki przeznaczyły na budowę nowego klasztoru w Oświęcimiu, gdzie w 1893 przeniesiono zarząd Zgromadzenia. W Oświęcimiu otworzyła nową placówkę dla osób starszych, a dom w Hałcnowie przekształcono na sierociniec i dom formacyjny dla sióstr. Następnie w 1893 otworzyła nowy dom w Żywcu przeznaczony na przedszkole. Z czasem Zgromadzenie zaczęło prowadzić większą liczbę przedszkoli, sierocińców oraz szkół, podejmując działalność charytatywno edukacyjną.
U schyłku życia W Oświęcimiu Matka Małgorzata spędziła dziesięć lat (1894-1904), prowadząc na szeroką skalę działalność charytatywną. Obok Hałcnowa i Oświęcimia, powstały fundacje m.in. w Żywcu, Frydrychowicach, Stryju, Drohobyczu i Jarosławiu. Na początku XX wieku otworzyła nowy dom w Nieszawie. Łącznie w latach 1893-1904 powstało 13 nowych domów Zgromadzenia.
Statuty Sióstr Serafitek zostały po raz pierwszy zaaprobowane przez Kurię biskupią w Krakowie 30 grudnia 1898. Dwa lata później otrzymały aprobatę rządu austriackiego.