Kolejny sezon ekipa z Bielska-Białej zakończyła dopiero na 7. pozycji90minut.pl – IV liga 2006/2007 gr. śląska II. W sezonie 2008/2009 Stal należał do ścisłej czołówki III ligi. Po rundzie zimowej BKS zajmował, premiowaną grą w barażach o (nową) II ligę, 2. lokatę i utrzymał ją do końca sezonu90minut.pl – III liga 2008/2009 gr. opolsko-śląska. W barażu drużyna BKS-u zmierzyła się z 12. zespołem II ligi, gr. zachodniej – Jarotą JarocinOficjalna strona BKS-u – BARAŻ Z JAROTĄ JAROCIN!. Bielska drużyna poległa w dwumeczu 2:3, przegrywając na początku u siebie 0:2 oraz wygrywając z Jarotą na wyjeździe 2:1, tracąc bramkę decydującą o braku promocji do II ligi w doliczonym czasie gry.90minut.pl Baraże o udział w II lidze Kolejne 9 sezonów BKS Stal spędziła w III lidze.
Po zakończeniu sezonu 2017/2018 w którym Stal zajęła 10. miejsce gwarantujące utrzymanie, zarząd klubu wydał oświadczenie w którym ogłosił wycofanie pierwszej drużyny. Powodem była zła sytuacja finansowa klubu. Sezon 2018/2019 klub rozpoczął na poziomie klasy okręgowej.
W 2022 roku klub obchodził stulecie istnienia.