W kolejnych sezonach zespół radził sobie znacznie gorzej. W sezonie 2002/2003 zajął 12. miejsce90minut.pl – IV liga 2002/2003 gr. śląska II, a rok później 1590minut.pl – IV liga 2003/2004 gr śląska II. co zaowocowało spadkiem do ligi okręgowej. Po rocznym pobycie w klasie okręgowej90minut.pl – liga okręgowa 2004/2005 gr. Bielsko-Biała, drużyna awansowała z powrotem do IV ligi. Pierwszy sezon w IV lidze po powrocie był niezwykle udany dla BKS-u. Zajmując 1. miejsce w lidze90minut.pl – IV liga 2005/2006 gr. śląska II, wywalczył miejsce w barażu śląskim o III ligę. Bielski zespół poległ jednak w dwumeczu z GKS Katowice 0:2 u siebie i 1:0 na wyjeździe.90minut.pl – Baraże o udział w III lidze, grupa: 3 Sezon 2007/2008 był sezonem, po którym następowała reorganizacja rozgrywek piłkarskich w Polsce. Jedynie miejsce w ścisłej czołówce gwarantowało udział na tym samym szczeblu rozgrywek w przyszłym sezonie. BKS zajął 4. lokatę90minut.pl – IV liga 2005/2006 gr. śląska II i o jego utrzymaniu i występie od kolejnego sezonu w nowej III lidze zadecydował baraż. W meczu z inną drużyną z Katowic – tym razem MK Górnik Katowice – BKS wygrał w dwumeczu 2:1 i 3:0.90minut.pl Baraże o nową III ligę