Po przybyciu do Białegostoku objął kierownictwo prac przy ukończeniu kościoła św. Rocha, rozpoczętego w latach 20. XX w. według projektu Oskara Sosnowskiego. Wspólnie z żoną oraz artystami Stanisławem Horno-Popławskim, Aleksandrem Welsem i Ireną Pławską uczestniczył w pracach projektowych związanych z zagospodarowaniem terenu wokół świątyni i wyposażeniem jej wnętrza (projekty schodów, krużganków i wystroju wnętrza, 1945–1962). Wraz z Leszkiem Teodozym Dąbrowskim był również autorem pierwszego po II wojnie, niezrealizowanego planu przebudowy Białegostoku z lat 1945–1946. Jednocześnie, w ramach Pracowni Konserwacji Zabytków Architektury, kierował pracami przy odbudowie i konserwacji szeregu zabytków na terenie dawnego województwa białostockiego. Głównym priorytetem konserwatorskim była odbudowa zespołu pałacowo-ogrodowego Branickich w Białymstoku (1946–1955) wraz z przywróceniem wystroju architektonicznego z połowy XVIII w. i adaptacją na Pałac Kultury Ludowej. Z uwagi na sprzeciw w sprawie zmiany przeznaczenia zabytku na potrzeby Akademii Medycznej, Stanisława Bukowskiego odsunięto na 3 lata od kierownictwa odbudowy pałacu i pracy w PPKZStanisław Bukowski, Alicja Lutostańska, Odbudowa pałacu w Białymstoku, „Ochrona Zabytków", R. 9, 1956, nr 1–2, s. 61–72Tadeusz Gicgier, Tajemnice pałacowego wnętrza [wywiad z S. Bukowskim dot.