Zmarł w Białymstoku i został tam pochowany na cmentarzu św. Rocha. Spoczywa tam wraz z żoną i synem.
Praca architektoniczna Stanisław Bukowski pierwsze znaczące prace projektowe rozpoczął w Wilnie, gdzie zajmował się przede wszystkim architekturą przestrzeni, biorąc m.in. udział w regulacji wileńskiego Placu Katedralnego (1936–1937). Projekt opracowany wspólnie z Leszkiem Teodozym Dąbrowskim, pod kierunkiem prof. Romualda Gutta, był ostro krytykowany w miejscowym środowisku artystycznym, szczególnie przez znanego wileńskiego artystę Ludomira Sleńdzińskiego i publicystę Kazimierza Kieniewicza. Zaproponowane przez Miejskie Biuro Urbanistyczne rozwiązanie Placu Katedralnego wprowadzało zieleń do śródmieścia zamiast proponowanej dużej liczby symbolicznych rzeźb, ustawionych na prostokątnym placu. Efektem sporu były liczne publikacje na łamach miejscowej prasy i specjalistycznych periodykówPiotr Śledziewski, Stanisław Bukowski, O projekcie regulacji Placu Katedralnego w Wilnie, „Architektura i Budownictwo", R. XIV 1938, nr 11/12, s. 366–372, w tym samym numerze polemiczny artykuł Kazimierza Kieniewicza, Problem Placu Katedralnego w Wilnie, s. 373–375. Mimo tych kontrowersji Zarząd Miejski zdecydował w 1938 roku o realizacji projektu MBU i ogłosił konkurs na pomnik Marszałka Piłsudskiego, który miał stanąć na placu.