W 1996 roku rozpoczęto dyskusję nad utworzeniem Wydziału Biologii poprzez koncentrację kadry zatrudnionej w 4 jednostkach podstawowych nauk biologicznych Akademii Rolniczo-Technicznej, tj.: w Instytucie Fizjologii Zwierząt Wydziału Zootechnicznego, Katedrze Zoologii Wydziału Ochrony Wód i Rybactwa Śródlądowego, Katedrze Fizjologii i Biochemii Roślin oraz Katedrze Botaniki i Ochrony Przyrody Wydziału Rolnictwa i Kształtowania Środowiska.
1 września 1997 roku to oficjalna data powołania Wydziału Biologii z dwoma kierunkami kształcenia: Biologia i Biotechnologia. Jako osobna jednostka Wydział 31 maja 1999 r. uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia doktora nauk biologicznych. W drugiej połowie lat 90. trwała dyskusja o powołaniu Uniwersytetu w Olsztynie z funkcjonujących trzech szkół wyższych: Akademii Rolniczo-Tecznicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego. W maju 1999 roku uzgodniono, że w dniu powołania Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego nastąpi również połączenie Wydziału Biologii ART z Instytutem Biologii i Ochrony Środowiska WSP w Wydział Biologii UWM, składający się z 11 katedr i 1 zakładu. 25 czerwca 2001 roku Wydział nabył uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk biologicznych.