Podkreślił, że pomimo takich kosztów wielojęzyczność stanowi jedną z głównych wartości UE.
Działalność w latach 2008–2014 1 kwietnia 2008 premier Matti Vanhanen ogłosił mianowanie Alexandra Stubba nowym ministrem spraw zagranicznych w swoim gabinecie. Zmiana szefa dyplomacji nastąpiła po skandalu związanym z poprzednikiem Ilkką Kanervą. 4 kwietnia 2008 został oficjalnie zaprzysiężony, rezygnując jednocześnie z mandatu w PE. Od 5 kwietnia do 31 grudnia 2008 pełnił także funkcję przewodniczącego OBWE. 11 sierpnia 2008 razem z francuskim ministrem spraw zagranicznych Bernardem Kouchnerem udał się z misją mediacyjną do Gruzji w czasie konfliktu gruzińsko-rosyjskiego.
Zajmowane stanowisko ministra utrzymał również w powołanym 22 czerwca 2010 gabinecie Mari Kiviniemi. W 2011 został wybrany do Eduskunty. W nowym rządzie, na czele którego stanął Jyrki Katainen, objął urząd ministra handlu zagranicznego i spraw europejskich.