Dzień swojej inauguracji określił mianem „punktu zwrotnego w historii Gwinei Bissau”.

Od początku kadencji u prezydenta Sanhy występowały kłopoty ze zdrowiem. Z tego powodu był wielokrotnie hospitalizowany w kraju i za granicą, a także zmieniał bądź odwoływał część ze swoich wizyt i spotkań. Zdaniem komentatorów prasowych prezydent cierpiał na cukrzycę, jednakże jego biuro udzielało w tym zakresie jedynie bardzo ogólnych wyjaśnień, w większości informując, że pobyt w szpitalu ma charakter rutynowych i okresowych badań medycznych. Już w sierpniu 2009 spędził trzy tygodnie w szpitalu w Dakarze. Na początku grudnia 2009 odwołał wizytę w Portugalii i został ponownie hospitalizowany w Dakarze, a następnie w Paryżu, by ostatecznie przejść rekonwalescencję na Wyspach Kanaryjskich. Do kraju powrócił pod koniec 2009. W styczniu 2010 przeszedł badania medyczne w Paryżu, pod koniec października został hospitalizowany w Dakarze, gdzie przebywał do początku listopada. Na początku grudnia 2010 udał ponownie się na badania do Paryża. Pod koniec sierpnia 2011 został po raz kolejny hospitalizowany w Dakarze.