Prezydent 2009-2012 Po zabójstwie prezydenta João Bernardo Vieiry w marcu 2009, wziął udział w wyborach prezydenckich. 25 kwietnia 2009 został wybrany oficjalnym kandydatem PAIGC. W wewnętrznym głosowaniu pokonał przewodniczącego parlamentu Raimundo Pereirę. W pierwszej turze wyborów 28 czerwca 2009, Sanhá zajął pierwsze miejsce, zdobywając 39,59% głosów. Pokonał Kumba Ialę (29,42%) oraz Henrique'a Rosę (24,19%). W drugiej turze wyborów 26 lipca 2009 Sanhá odniósł zwycięstwo nad Ialą, zdobywając 63,52% głosów poparcia. Jego rywal zaakceptował wyniki głosowania, a międzynarodowi obserwatorzy nie dopatrzyli się żadnych poważnych nieprawidłowości.
8 września 2009 Sanhá został oficjalnie zaprzysiężony na stanowisku prezydenta. W ceremonii na Stadionie Narodowym 24 Września w Bissau wzięło udział kilku afrykańskich przywódców, w tym prezydenci: Senegalu - Abdoulaye Wade, Gambii - Yahya Jammeh, Burkina Faso - Blaise Compaoré, Nigerii - Umaru Yar’Adua oraz Republiki Zielonego Przylądka - Pedro Pires. Prezydent Sanhá, przemawiając do zgromadzonych, zobowiązał się do zbadania okoliczności zabójstwa prezydenta Vieiry oraz generała Batisty Tagme Na Waie. Zapowiedział przywrócenie pokoju i stabilności w kraju, reformę wojska, wzmocnienie gospodarki oraz zakończenie długoletnich konfliktów wewnątrzpaństwowych.