Wydział otrzymał pierwsze uprawnienia do nadawania stopnia doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie: językoznawstwo. Kolejne otrzymał 30 listopada 1998 r. w dyscyplinie literaturoznawstwo oraz 22 lutego 1999 r. z historii.
1 września 1999 roku powołano Uniwersytet Warmińsko-Mazurski na bazie Akademii Rolniczo-Technicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego. Wydział Humanistyczny wszedł również w te struktury, nie zmieniając swojej nazwy. Za to kilkakrotnie zmieniały się adresy Wydziału: ul. Żołnierska, pl. Jedności Słowiańskiej, ul. ks. Feliksa Szrajbera, a od 10 lutego 2006 roku Wydział Humanistyczny przeniósł się do swojej nowej siedziby przy ul. Kurta Obitza w miasteczku akademickim Kortowo II. Od 29 maja 2006 r. Wydział posiadał pełne prawa do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk humanistycznych w dyscyplinie historia. Kolejne uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora w dyscyplinie filozofia otrzymał 28 kwietnia 2008 r. Z kolei 30 września 2010 r.