W czasie mobilizacji powszechnej została zmieniona organizacja pułku. Trzy baterie (6, 7 i 9) formowane w Siedlcach przez 9 pal zostały podporządkowane dowódcy 39 DP (rez.). W ich miejsce wszedł III dywizjon 51 pułku artylerii lekkiej formowany w Ostrowi Maz. przez 18 pułk artylerii lekkiej dla 39 DP (rez.)
Działania wojenne II dywizjon armat 61 pal Formowanie dywizjonu odbywało się od 31 sierpnia do 2 września 1939 roku w koszarach 9 pal w Siedlcach, a następnie poza koszarami w pobliskich wsiach. Wieczorem 4 września dywizjon osiągnął gotowość marszową. Dywizjon został zmobilizowany do 4 września 1939 roku. 5 września wyjechała z Siedlec transportem kolejowym 5 bateria z plutonem kolumny amunicyjnej, dojechała 6 września do Warszawy, a następnie cofnięta została do Małkini. W trakcie wyładunku została zbombardowana kilku kanonierów odniosło rany. Bateria 5/61 pal została dyslokowana do lasów na północny wschód od Małkini, gdzie oczekiwała na podejście macierzystej 41 DP rez. 6 września 4 bateria z dowództwem dywizjonu wyjechała z Siedlec do Wyszkowa, gdzie nocą 6/7 września wyładowała się z transportu i pomaszerowała w kierunku Ostrowi Mazowieckiej. Do maszerującej 41 DP rez. dołączyło dowództwo II/61 pal w nocy 8/9 września. 4 bateria pomaszerowała do rejonu Małkini gdzie 7 września połączyła się z 5 baterią.