W 1991 roku przy redakcji czasopisma założono Wydawnictwo Polskie w Wilnie, które zajęło się wydawaniem polskich książek w ramach „Biblioteki Magazynu Wileńskiego”. W roku 2015 było to już około 60 tytułów, wśród których znalazły się tomiki poezji poetów wileńskich, książki historyczne związane z historią Polaków na Litwie oraz poświęcone dziejom Wileńszczyzny, przewodniki po Wileńszczyźnie. W serii wydano także pozycje historyczno-dokumentalne.
W grudniu 2021 r. ukazał się ostatni, 455 numer czasopisma. Redaktor naczelny, Henryk Mażul tak tłumaczył decyzję o zamknięciu periodyku: "Nie jest tajemnicą, że pieniędzy brakowało. Naszą sytuację pogorszyła znacznie pandemia, bo zwykle pewnym zastrzykiem finansowym była sprzedaż książek, chętnie nabywanych przez turystów z Polski. Z tego, co wiem, zabrakło w tym roku środków na ostatni numer i Michał Mackiewicz zapłacił za niego z własnych środków. Nam oczywiście żal tego pisma, bardzo rozczarowani są także nasi czytelnicy. Niektórzy proponowali nawet, że będą organizować zbiórkę społeczną, żeby znaleźć środki na dalsze wydawanie"Koniec historii „Magazynu Wileńskiego”.