miejscu.
Pierwszy start Del Potra w turniejach kategorii ATP Masters Series miał miejsce pod koniec października w Madrycie. Przechodząc eliminacje nie sprostał w 1 rundzie Joachimowi Johanssonowi. Następnie awansował do ćwierćfinału w Bazylei, gdzie wyeliminowany został przez Fernando Gonzáleza.
Sezon 2006 zakończył na 92. pozycji w zestawieniu ATP. Rozegrał 22 mecze w zawodach ATP World Tour, w których odniósł 10 zwycięstw.
Sezon 2007 mały|282x282px|Del Potro podczas Australian Open, 2007
Del Potro rozpoczął sezon od awansu do pierwszego w karierze półfinału turnieju ATP World Tour odbywającego się w Adelaide, w którym przegrał z Chrisem Guccione. Potem zadebiutował w Australian Open, odpadając w 2 rundzie poprzez krecz w piątym secie z Fernandem Gonzálezem.
11 lutego wystąpił w czwartym pojedynku meczu 1 rundy Pucharu Davisa przeciwko Austrii. Dzięki jego zwycięstwo Argentyńczycy zapewnili sobie awans do ćwierćfinału, a pokonał 7:6(4), 3:6, 6:4, 4:6, 6:2 Jürgena Melzera.
Na początku marca Argentyńczyk osiągnął 2 rundę w Indian Wells i 4 rundę Miami.
W kwietniu Argentyna, w składzie z Del Potem, odpadła w ćwierćfinale Pucharu Davisa ze Szwecją.