W warstwie runa niepodzielnie panuje miesiącznica trwała.
Najwięcej przestrzeni pokrywa jednak żyzna buczyna karpacka, która jest przywiązana do stoków o nachyleniu do 40 stopni oraz gleb z mniejszym niż w jaworzynie udziałem części szkieletowych. O charakterze i wyglądzie lasu przede wszystkim decyduje buk, a jawor, jesion, świerk i wiąz występują najczęściej w postaci nielicznej domieszki. Mimo iż buczyna karpacka jest lasem typowo dolnoreglowym, w Dolinie Wapienicy spotykamy także jej podgórską postać z większym udziałem gatunków niżowych, takich jak: lipa, dąb, wiąz, a w warstwie runa: podagrycznik pospolity oraz szałwia lepka.
Oprócz żyznej buczyny karpackiej na terenie doliny występuje kwaśna buczyna. Zajmuje ona górne partie stoków i grzbiety górskie o niezbyt dużym nachyleniu. W tym typie lasu także dominuje buk, którego wygląd jest bardzo zróżnicowany.
Partie stoków o nachyleniu do 40 stopni, leżące powyżej 950 m n.p.m. zajmuje dolnoreglowy bór mieszany jodłowo-świerkowy.